M1芯片的mac如何安装单细胞轨迹分析软件monocle3

1. 前言

想给单细胞数据进行拟时序分析，需要下载一个相关的软件。
这类软件挺多的，但最经典的还是monocle，目前最新版是monocle3（20220217）。
但是这个软件依赖非常多，挺难安装的，在monocle3 github主页的issue和其google group里报告了许许多多的安装bug，而且作者现在也几乎不回复了。
另外，我想做的是在使用m1芯片mac的rosetta2环境下安装monocle3，这可能就更难了。在中/英文网上做了大量的搜索，也没有找到好的解答。
但经过一个礼拜的攻坚，最终是安装成功了。

2. 安装

首先就是要在终端里使用homebrew安装这两个玩意

# terminal
brew install pkg-config
brew install gdal

另外就是要额外安装一个gfortran，而且不能用Homebrew的（brew install gcc）命令安装，因为这样会安装到错误的路径。
在安装gfortran时候，需要去github下载，注意要下载成intel版本而不是ARM版本的，估计是因为我的R也是intel版本的。
最终我安装的是最新的intel版本的,文件名gfortran-Intel-11.2-Monterey.dmg。安装时使用默认选项就好。
gfortran下载地址
之后就是根据Monocle3官方的教程，在R里进行正常安装就好了。

# R
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

install.packages("devtools")

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

library(monocle3) #看能否正常加载

顺便附上我使用的版本和镜像

> sessionInfo()
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Monterey 12.1

> BiocManager::version()
[1] ‘3.14’

> options("repos") # R镜像
$repos
                                        CRAN 
"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" 

> repositories() # Bioconductor镜像
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories,
see '?repositories' for details

replacement repositories:
    CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

                                                BioCsoft 
           "https://bioconductor.org/packages/3.14/bioc" 
                                                 BioCann 
"https://bioconductor.org/packages/3.14/data/annotation" 
                                                 BioCexp 
"https://bioconductor.org/packages/3.14/data/experiment" 
                                           BioCworkflows 
      "https://bioconductor.org/packages/3.14/workflows" 
                                               BioCbooks 
          "https://bioconductor.org/packages/3.14/books" 
                                                    CRAN 
            "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"